Az öntözés a bonsai növények egyik fő gondozási feladata. Az öntözés egyszerűnek tűnik, de nem könnyű pontosan öntözni. Az öntözést a növényfajnak, az évszakos változásoknak, a növekedési időszaknak, a virágzási időszaknak, a nyugalmi időszaknak és a növény időjárási viszonyainak megfelelően kell végezni. Az öntözési idő és mennyiség elsajátítása nagyon fontos a növények növekedése szempontjából. Egyes bonsai növények pusztulása közvetlenül összefügg a nem megfelelő öntözéssel.

A cserepes növények víz- és tápanyagellátása mellett a cserepes föld a növények normál légzését is biztosítja. Amikor a cserepes föld elegendő nedvességgel rendelkezik, a földrészecskék kitágulnak, kiszorítják a levegőt a részecskék közötti résekből, ami léghiányt okoz a cserepes földben; amikor a cserepes föld száraz vagy viszonylag száraz, a földrészecskék összezsugorodnak, térfogatuk kisebb lesz, és ismét rések jelennek meg a részecskék között. A réseket levegő tölti ki.

Ahogy a talaj száraz és nedves között változik, a cserép földjében lévő levegő is folyamatosan kering, lehetővé téve a növény gyökereinek a normális légzést. Minden öntözés után a növény gyökerei rövid időn belül képesek elviselni a cserép földjében lévő oxigénhiányt. Ha azonban a cserép földje sokáig túl nedves, ami hosszú távú oxigénhiányhoz vezet, az gyökéreróziót és más betegségeket okozhat; Ha a talaj sokáig száraz, bár elegendő oxigén van a cserép földjében, a növények sokáig nem tudják felvenni a vizet, ami szintén káros a növények növekedésére, és akár elpusztulásukhoz is vezethet. Ezért a bonsai növények öntözésekor a "ne szárazon öntözd őket, hanem alaposan öntözd" elvet kell követni.

A növények nem megfelelő öntözése és kiszáradása miatt az ágak elhervadnak és elcsendesednek, a levelek pedig elszáradnak, megsárgulnak és lehullanak. A tűlevelű fajok esetében a tűlevelek megpuhulnak, és elveszítik erős, szúrós tapintásukat. Súlyos vízhiány esetén az ágak kérge libabőrösre zsugorodik. Ha nyáron ilyen helyzetbe kerülünk, azonnal tegyük árnyékos helyre a növényt. Miután a hőmérséklet csökken, először permetezzük be vízzel a leveleket, majd öntsünk egy kevés vizet a cserépbe, és egy óra múlva alaposan öntsük le az egészet.

Súlyosan kiszáradt növények esetén ügyeljünk arra, hogy ne öntözzünk egyszerre eleget, mert amikor a növény súlyosan kiszáradt, a gyökérkéreg összezsugorodik és közel kerül a xilémhez. Ha hirtelen nagy mennyiségű vizet adagolunk, a gyökérzet a gyors vízfelvétel miatt kitágul, ami a kéreg megrepedését okozza, és a növény elpusztulásához vezet, ezért fokozatos alkalmazkodási folyamatra van szükség. Miután a súlyos vízhiányban szenvedő növények átestek a fenti kezelésen, a legjobb, ha néhány napig árnyékos helyen tartjuk őket, majd miután megerősödtek, napon neveljük őket. Azonban ne öntözzük túl. Amellett, hogy a növények meredek növekedését okozza, ami befolyásolja a fa alakját és díszítőértékét, a túlzott öntözés könnyen gyökérrothadást és pusztulást is okozhat. A miniatűr bonsai cserepek kevesebb földet igényelnek, ezért különösen fontos, hogy a megfelelő időben és megfelelő mennyiségben öntözzük őket.