Az öntözés a bonsai növények egyik fő kezelési feladata. Az öntözés egyszerűnek tűnik, de nem könnyű megfelelően öntözni. Az öntözést a növényfajtának, az évszakos változásoknak, a növekedési időszaknak, a virágzási időszaknak, a nyugalmi időszaknak és a növény időjárási viszonyainak megfelelően kell elvégezni. Az öntözési idő és mennyiség elsajátítása nagyon fontos a növények növekedéséhez. Egyes bonsai növények halála közvetlenül összefügg a nem megfelelő öntözéssel.

A cserepes növények víz- és tápanyagellátása mellett a cserepes talaj fenntartja a növények normál levegőzését is. Amikor a cserepes talajban van elegendő nedvesség, a talajrészecskék kitágulnak, kiszorítva a levegőt a részecskék közötti résekből, ami levegőhiányt okoz a cserepes talajban; amikor a cserepes talaj száraz vagy viszonylag száraz, a talajrészecskék összezsugorodnak, a térfogat kisebb lesz, és ismét rések jelennek meg a részecskék között. A réseket levegő tölti meg.

Ahogy a talaj száraz és nedves között változik, a cserepes talajban a levegő is folyamatosan kering, lehetővé téve a növényi gyökerek normális légzését. Minden öntözés után a növény gyökerei rövid időn belül elviselik az oxigénhiányt a cserepes talajban. Ha azonban a cserepes talaj hosszú ideig túl nedves, ami hosszú távú oxigénhiányt okoz, az gyökéreróziót és egyéb betegségeket okoz; Ha a talaj huzamosabb ideig száraz, bár elegendő oxigén van a cserepes talajban, a növények hosszú ideig nem tudnak vizet felvenni, ami a növények növekedését is károsítja, sőt akár el is pusztulhat. Ezért a bonsai növények öntözésénél be kell tartani azt az elvet, hogy "ne száradva öntözzük, öntözzük alaposan".

A növények elégtelen öntözése és kiszáradása miatt a gallyak elhervadnak és lelógnak, a levelek elsorvadnak, megsárgulnak és leesnek. A tűlevelű fajok esetében a tűk megpuhulnak, elveszítik erős és szúrós tapintásukat. Súlyos vízhiány esetén az ágak kérge libabőrszerűen összezsugorodik. Ha nyáron találkozik ezzel a helyzettel, azonnal vigye át a növényt árnyékos helyre. A hőmérséklet csökkenése után először permetezzen vizet a levelekre, majd öntsön egy kevés vizet az edénybe, majd egy óra múlva öntse le alaposan.

Erősen kiszáradt növényeknél ügyeljünk arra, hogy ne öntözzünk egyszerre eleget, mert ha a növény erősen kiszárad, a gyökérkéreg összezsugorodik és közel van a xilémhez. Ha hirtelen nagy mennyiségű vizet adnak be, a gyökérrendszer a víz gyors felszívódása miatt kitágul, ami a kéreg felszakadását okozza, ami a növény elpusztulásához vezet, ezért fokozatos alkalmazkodási folyamatra van szükség. Az erősen vízhiányos növényeket a fenti kezelés után célszerű néhány napig árnyékos fészer alatt tartani, majd erősödésük után a napon termeszteni. Azonban ne öntözzük túl. A túlzott öntözés amellett, hogy a növények meredek növekedését idézi elő, befolyásolja a fa alakját és díszítő értékét, könnyen gyökérrothadást és elhalást is okozhat. A miniatűr bonsai cserepek kevesebb talajt igényelnek, ezért különösen fontos, hogy megfelelő időben és mennyiségben öntözzük őket.